Ông Huỳnh dẫn chứng: Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp quy định thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp dành riêng cho lao động là người khuyết tật, người sau cai nghiện, nhiễm HIV được miễn loại thuế này. Thế nhưng, Nghị định 124/2008 hướng dẫn lại quy định: Thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp sử dụng từ 51% số lao động bình quân trong năm trở lên là người thuộc ba nhóm trên được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp. Còn Luật Người khuyết tật quy định, cơ sở sản xuất, kinh doanh sử dụng từ 30% tổng số lao động trở lên là người khuyết tật được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp…

Kết quả rà soát cũng phát hiện, văn bản hướng dẫn về quy định thành lập tổ chức công đoàn theo hướng là quyền của nhà đầu tư (với tư cách người sử dụng lao động) đang mâu thuẫn với Bộ luật Lao động - quyền thành lập tổ chức công đoàn là của người lao động (!?) Hay quy định về giá trị hàng hoá tổn thất tại Thông tư 130/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn tổn thất do thiên tai, dịch bệnh, trường hợp bất khả kháng khác không được bồi thường, được hạch toán vào chi phí được trừ.

Thế nhưng, Thông tư 18/2011 của chính bộ này lại hướng dẫn bổ sung hồ sơ đối với tài sản, hàng hoá bị tổn thất do thiên tai, dịch bệnh, hoả hoạn (không có trường hợp bất khả kháng khác) được tính vào chi phí được trừ.

Hệ quả, cả doanh nghiệp lẫn cơ quan công quyền hết sức lúng túng. Ông Hoàng Ngọc Thành, Phó chánh tòa Kinh tế, TAND thành phố Hà Nội, phản ánh, thực tế giải quyết tranh chấp giữa các doanh nghiệp cho thấy, cùng một hành vi sai phạm nhưng nhiều văn bản pháp luật có cách giải thích khác nhau. Do đó tòa án các cấp có nhiều cách hiểu khác nhau, khiến nhiều bản án bị huỷ nhưng vẫn không giải quyết dứt điểm được tranh chấp!